Das Forschungsinteresse des 1992 gegründeten Instituts gilt den Schwerpunkten Geschichte, Religion und Kultur der Juden und des Judentums in den Ländern Europas von der Frühen Neuzeit bis heute, mit einem Fokus auf die Geschichte und Gegenwart von Jüdinnen und Juden im deutschsprachigen Raum, auf spezifisch deutsch-jüdische Aspekte der Geschichte Israels, aber auch auf die Erforschung von Antisemitismus und Rechtsextremismus.

Eine umfangreiche Bibliothek, Forschungstransfer und die Vermittlung jüdischer Geschichte sowie Methoden der Digitalen Geisteswissenschaften sind zentrale Bestandteile der Institutsarbeit.

Das MMZ wird vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kultur aus Landesmitteln gefördert. Es befindet sich in Trägerschaft des gleichnamigen Vereins. Das Kuratorium des MMZ besteht aus: MWFK (Staatssekretär Tobias Dünow), Universität Potsdam (Kuratoriumsvorsitz: Universitätspräsident Prof. Oliver Günther, PhD), Vertreter der Jüdischen Studien an der Universität Potsdam (Prof. Dr. Johann Evangelist Hafner), Dekan der Philosophischen Fakultät (Prof. Dr. Hans-Georg Wolf) und vier Mitgliedern des Vereins (Prof. Dr. Frank Bösch, Thomas Krüger, Prof Dr. Yael Kupferberg, Rabbiner Prof. Dr. Andreas Nachama). 

Neben den Meldungen über die aktuellen Veranstaltungen, Projekte und Forschungsergebnisse legt das MMZ Wert darauf, dass die Öffentlichkeit über die Arbeit der Forschungseinrichtung in Kenntnis gesetzt wird. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter stehen für Anfragen von Medien und Bildungseinrichtungen zur Verfügung.